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外泌体环状RNA作为结changai分子标志物的实例应用
点击次数:2310 发bu日期:2020-10-20  来yuan:本站 jingong参考,谢jue转载,否zeze任自fu
文章daodu
如今想要duan平快縦angゴ坎庑+验证发表一篇5分左右文章,光靠一ge热点环状RNA还不够,环状RNA+外泌体,环状RNA+m6A,环状RNA+环状DNA等穓iao蚨际强梢匀コ⑹缘摹iao编今 天以云序用户以环状RNA+外泌体作为yan究穓iao虻陌咐薪鈞i。
2020年6月18日云序用户山大二院zaiFrontiers in Oncology (IF=4.85)上发表了一篇题muRNA-Seq Profiling of Serum Exosomal Circular RNAs Reveals Circ-PNN as a Potential Biomarker for Human Colorectal Cancer的文章,该文章通过运用了云序生物外泌体全转录组测序探究了环状RNA作为结changai分子标志物祄u赡躼ing。
结changai(CRC)是di三大chang见exing肿 liu,zao期CRC患者存活率大 大高于晚期患者,肿 liu的zao期诊断对改善预后至关重要。近年来有许多yan究发xian,外泌体作为guang 泛存zai于体液中的一种wei囊pao,含有大liangDNA、RNA和蛋白等分子,可以fan应ta们来yuan细bao的信息。许多ai细bao来yuan的外泌体na的分子具有成为ai症分子标志物的潜li。这qi中,环状RNA由于qi稳定xing高,bei作为多种ai症的分子标志物yan究过。zai这篇文章中,作者通过对50ge患者和50和健kang人血清中外泌体环状RNA的yan究,ti出了qi中circ-PNN作为CRC诊断分子标志物祄u赡堋

Frontiers in Oncology

Frontiers in Oncology

发表期刊:Frontiers in Oncology
影响因子:4.85
发表时jian:2020.6.18
实验方fa: 外泌体ti取、jian定、全转录组测序circRNA-PCRcircRNA酶耐受sanger测序(均由云序一站式tigong)
文章链接:RNA-Seq Profiling of Serum Exosomal Circular RNAs Reveals Circ-PNN as a Potential Biomarker for Human Colorectal Cancer

yan究na容
1.环状RNA表达谱
作者将50geCRC患者和50ge正chang人的血清样pin分别sui机分为5组均詒an煅曰煅蟮5v5ge样pin进行了外泌体全转录组测序, 检测到1924ge环状RNA, 来yuanji因zaige染色体上均有分bu,环状大部分长duxiao于500nt。
环状RNA表达谱
2.CRC患者和健kang人中环状RNA的cha异表达
接着作者筛选出了122gezaiCRC与健kang人血清外泌体中cha异表达的环状RNA,qi中100ge明显蓌i鳎22ge明显下调。qi中65ge为新发xian的环状RNA。
CRC患者和健kang人中环状RNA的cha异表达
3.cha异环状RNA的gong能预测
通过对环状RNA来yuanji因的GO分xi预测cha异环状RNA的gong能,结果显示蓌i鞯幕纷吹那眤aigong能富集zai蛋白修饰和细bao对nayuan衴uan碳さ膄an应相关gong能,高尔ji体相关gong能和转录筨u 活子活xing相关gong能。ci外KEGG分xi还找到了这些ji因参与的4ge相关通路。
cha异环状RNA的gong能预测
4.血清外泌体的jian定
秠uan友逯衪i取的外泌体,通过dian綿ao验证了外泌体形态,NTA分xi检测了外泌体粒径大xiao,WB验证了外泌体标謏ing鞍證D9和TSG101。
血清外泌体的jian定
5.Circ-PNN的生物学结构
作者通过qPCR验证了circ-PNN的cha异表达,并对PCR产物进行Sanger测序验证了环状fan式剪qie位点的序列,并验证了发散引物jin能对环状RNA逆转录的cDNA成gong扩增,er对ji因组DNA扩增wuxiao。酶耐受实验证实了circ-PNN比对应的PNN线xingmRNA更稳定。
Circ-PNN的生物学结构
6.标志物circRNA分子的验证
作者扩大样本zai88geCRC患者和88ge健kang人的血清外泌体RNA中,通过qPCR验证了circ-PNN的cha异表达。通过ROCqu线分xi对circ-PNN作为诊断标志物的潜li进行了yan究。结果显示circ-PNN的cha异表达与CRC相关,可能作为zao期CRC但不是淋巴转移期的诊断标志物。
标志物circRNA分子的验证
7.CircRNA-miRNA-mRNA网络预测和分xi

作者建立了circRNA-miRNA-mRNA网络,预测circ-PNN可能作用的靶ji因,并通过qPCR验证了qi中3gemiRNA与circ-PNN的相关xing。对靶ji因的预测为wei来yan究circ-PNN影响CRC肿 liu形硈hang醙ong了穓iao颉

CircRNA-miRNA-mRNA网络预测和分xi

总结
本文作者通过外泌体全转录组测序qPCRSanger测序的shou段,zhan示了CRC中circRNA的表达谱,筛选了cha异表达的circRNA,验证了qi中circ-PNN的cha异表达和序列,并zai大liang样本中验证了circ-PNN的cha异表达,通过ROC分xi了qi作为zao期CRC诊断分子标志物祄u赡堋Mü齝irc-PNN与miRNA共表达分xi也为后续yan究外泌体circ-PNNzaiCRC发病过程中的作用tigong了线suo。

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